12 fps on midgame and 10 duplicants

Engine choked. Almost not fixable and almost no depend on PC configuration.

Big reveal area, many things (critters, buildings etc) – slow down to 10-15 fps (here is no very critical, it no FPS anyway ).

Sorry for russian language on english forum, but topic starter is russian.

По мои наблюдениям, чаще всего просадки производительности появляются из-за "газового ада", когда в рядом крутятся 4-5 газов. Иногда кажется, что каждая клетка газа рассчитывается, как отдельное существо. Поэтому я стараюсь лишние газы удалять - очищать углекислый, откачивать и сжигать водород, откачивать и сжижать кислород.
Еще нагружает расчет пути, особенно у летающих. Вроде бы в последних патчах это сильно оптимизировали, но попробуйте развалить ненужные лесенки, особенно если они разрешают много вариантов их прохождения. Убейте лишних летающих существ. Замуруйте неиспользуемые комнаты.
Мой компьютер слабее вашего I5-2500, 8 GB DDR3, но у меня относительно сносно он загрузился, но у меня нет ни одного мода из используемых вами. Попробуйте их для проверки отключить. Попробуйте, как у вас загрузится мой сейв, я не стал с ним дальше играть, это превратилось в мучение: 

Google translate:
According to my observations, the most frequent performance drawdowns occur because of the "gas hell", when 4-5 gases are spinning alongside. Sometimes it seems that each cell of gas is calculated as a separate being. Therefore, I try to remove excess gases - purify carbon dioxide, pump out and burn hydrogen, pump out and liquefy oxygen.
Another load calculation route, especially flying. It seems that in the latest patches this was highly optimized, but try to break up unnecessary ladders, especially if they allow a lot of options for their passage. Kill the extra flying creatures. Blast unused rooms.
My computer is weaker than your I5-2500, 8 GB DDR3, but I have a relatively tolerable boot, but I do not have a single mod you use. Try to disable them for checking. Try how you save my save game, I didn’t play further with it, it turned into anguish: